利用蛋白质语言模型表示检索 AlphaFold 人类蛋白质组中的结合位点

摘要

PocketScope 是一种免训练框架：它用冻结的 ESM-C 600M 嵌入表示空腔内壁残基，并通过穷举式晚期交互 MaxSim 检索相关结合位点，无需池化或近似最近邻搜索。在 AlphaFold 人类蛋白质组中，该方法在 37,682 个蛋白质里识别出 153,805 个空腔，并在精选药理学配对中找回有记录的药物脱靶。在 ProSPECCTs 基准的十个集合中，PocketScope 按平均排名位列 23 种方法中的第 1。PocketScope 已开源，并作为免费 Web 服务器提供（https://www.bhargavaresearch.org/pocketscope）。