PEtab SciML: 用于指定和训练动态科学机器学习模型的交换格式

摘要

PEtab SciML是一个用于指定动态科学机器学习（SciML）参数估计问题的可互操作数据格式：在动态建模中，将机理型常微分方程（ODE）与机器学习组件相结合，并从时间序列数据中联合估计机理与ML模型参数。该格式支持多种ML-ODE混合模式，配有参考Python库，以及Python/JAX（AMICI）和Julia（PEtab.jl）的下游建模支持与真实数据基准。代码托管于GitHub，参考Python包可从PyPI安装，并在Linux、macOS和Windows上持续测试。