蛋白质语言模型嵌入用于药物-靶点亲和力预测的综合评估

摘要

药物-靶点亲和力（DTA）预测有望加速药物发现并降低开发成本。本研究在四种分子表示骨干上整合四类预训练蛋白质语言模型（PLM）嵌入——分别针对结构预测、功能预测和序列掩码任务构建——形成PLM-GraphDTA，并与经典一维卷积方法比较；同时评估为改进蛋白质表征学习而修改的基线卷积架构DeepGraphDTA。模型在Davis和KIBA基准数据集上用一致性指数（CI）和均方误差（MSE）评估，使用冷启动训练/测试划分检验泛化能力，并分析各蛋白质对总CI的贡献。结果表明，对传统卷积方法进行简单架构修改或许足以弥合与大型预训练PLM之间的差距。