CytoVI: 抗体类单细胞数据的深度生成式建模

摘要

CytoVI 是一个概率生成模型，用于对抗体类单细胞数据进行统计上严谨的统一分析。这类技术包括流式细胞术、质谱流式和 CITE-seq，已广泛用于临床诊断与基础研究，但其分析受技术噪声、批次效应、平台差异和抗体 panel 受限等因素困扰。CytoVI 在单一概率模型中生成有信息量的细胞嵌入、填补缺失测量、执行差异蛋白表达检验并自动完成细胞注释。作者用它构建了覆盖 350 种蛋白的 B 细胞成熟图谱，发现与免疫球蛋白类别转换相关的蛋白；在一组经流式细胞术和 CITE-seq 分析的 B 细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列中，CytoVI 揭示了疾病相关的 T 细胞状态。该软件在 scvi-tools.org 开源发布。