学习蛋白质折叠能否带来更广泛的推理能力?

摘要

研究指出，大语言模型依赖的人类文本往往只呈现表层答案，而蛋白质折叠可作为可精确检验的测试场景：一个已解结构就能产生数千条空间与拓扑陈述。作者构建了蛋白质衍生的问答数据集 FoldingCorpus，并提出后训练方案 Fold2Reason，结合两种互补信号——由模型原生语言头预测的离散结构答案，以及从同一共享表征解码的连续三维几何。在 FoldBench 上，其结构预测得分达到 Qwen3.5-9B 的 2.7 至 3.5 倍；在涵盖空间、图、科学与通用推理的全部 10 项基准上均有提升，宏平均准确率从 45.09% 升至 48.33%（+3.23 pp）。而基于随机、合成和打乱结构的对照增益明显更小或为负。