《HypoKG》: 用知识图谱约束生物医学假设生成的证据纪律

摘要

研究将 KEGG、Rhea、UniProt 三个数据库整合为统一的生化知识图谱，并构建包含 550 条“酶源—罕见病终点”路径的基准，六种大模型在四种信息条件下共生成 13,200 条假设，按专家制定的五项标准逐项 1-5 分评分。结果显示，只给出酶源与疾病终点时得分往往最高，说明模型能凭极少信息产出听起来可行的想法，但这些假设与证据的联系较弱；给出完整生物路径时，假设更符合已知机制关系，作者称之为证据约束的推理。打乱中间步骤而保持终点不变后，证据依据显著下降（delta = -0.793，p < 0.001），表明模型确实利用了路径结构。