Bio-Babel: 面向智能体就绪的计算生物学生态系统的自主跨语言重建

摘要

科学软件常被锁定在其源语言中，虽可被其他环境调用，却无法被原生扩展或作为基础构建。Bio-Babel（biobabel.stanford.edu）是一个自主框架，可在目标生态系统中原生重建此类软件，并使其可被智能体调用；每个软件包都附带智能体可读的使用契约。在重建一个层次化、相互依赖的 R 到 Python 单细胞分析软件栈时，Bio-Babel 忠实再现了原始软件，并揭示了分级 SWI/SNF 缺失下胰腺分化的动态缺陷。