深度学习预测核纤层相关染色质

摘要

LADDER是一个深度学习框架，用于通过DNA序列及相关基因组特性预测染色质与核纤层的锚定。结合全基因组随机计算机模拟删除，作者揭示了内在的基因组纤层易感性景观。LADDER能从一个物种学习纤层组织的一般特征，并外推至其他哺乳动物物种。利用这种跨物种能力，作者研究了与小鼠逃逸基因相关的等位基因特异性差异纤层锚定。