Agentic AI 揭示跨组织蛋白共丰度保守程序, 为单一数据集分析所不可及

摘要

跨组织保守的蛋白共丰度簇可揭示共享疾病机制和候选治疗靶点。作者提出一种LLM智能体框架，构建组织特异性网络、推导配对共识簇，并整合表达图谱、蛋白互作与复合物数据库、通路注释、疾病目录和文献证据。将该框架应用于41种人体组织/体液的820种两两组合，共识别出406个组织对中的1,833个保守共丰度簇。结肠、滑液、血液、脑脊液和骨髓连通性最广，含簇最丰富的组织对以骨髓为主。非显而易见的关系包括皮肤-骨髓超过解剖相邻的骨-骨髓，结肠-乳腺包含涉及细胞外基质重塑、脂质代谢和免疫调节的癌症相关簇。聚类分析进一步提出脑-肠细胞外囊泡/氧化还原/血清素辅因子轴和肝-骨髓应激反应轴等机制假说。代码和数据见GitHub。