GenomeHarness: 利用AI智能体实现基因组语言模型的可靠适配

摘要

GenomeHarness是一个用于基因组语言模型下游适配的智能体工作流，通过在微调配方上进行受控搜索来提升可靠性。它结合了提出和修复配方编辑的AI智能体、协议约束执行与资源管理的harness，以及蒙特卡洛树搜索控制器。在DNABERT2和NTv2-100M-Multi上，跨NT Benchmark和Genomic Benchmarks的52个模型-任务设置中（配方冻结后使用三个随机种子评估），GenomeHarness在47个设置中提高了平均测试MCC，包括24/26的DNABERT2设置和23/26的NTv2-100M-Multi设置；在Genomic Benchmarks和根配方不稳定或匹配不佳的任务（如human ocr ensembl任务）上提升尤为明显。搜索轨迹显示它能逐步识别更强的配方，使下游适配成为可控、可审计的流程。