PepLLM: ESM引导的Llama用于结构化蛋白质-肽结合界面分析

摘要

研究提出 PepLLM，一种用于结构化蛋白质-肽界面理解的指令微调框架。给定蛋白质-肽序列，PepLLM 生成机器可读的 JSON 注释，描述肽埋藏状态、氢键密度、盐桥、热点残基、疏水性和静电互补性等界面属性。团队结合结构界面分析、溶剂可及表面积、疏水埋藏与静电势计算及冗余感知数据划分，构建了新的界面数据集。PepLLM 通过非线性适配器连接预训练 ESM 编码器与 LLaMA 解码器，将 ESM 残基嵌入作为软令牌注入提示，生成结构化注释。该工作从单标签预测转向多属性、机制感知生成，为可解释界面分析建立新任务与建模范式。