PhageTAILor利用机器学习检测和分类植物相关细菌中的噬菌体尾样元件

摘要

PhageTAILor是一个整合、全自动的开源流程，利用机器学习从细菌基因组中检测并分类前噬菌体及三类噬菌体尾样元件（PTE）：尾素、细菌VI型分泌系统（T6SS）和胞外收缩注射系统（eCIS）。它结合6个基于同源性的检测器与LightGBM分类器，训练数据来自6,501个基因组携带的13,082个前噬菌体和PTE。在76株跨分支基准中，尾素检测F1=0.955；在13个经实验验证的尾素中识别出12个，优于仅限于假单胞菌的TattleTail（2/13）。应用于7,925株植物/土壤相关细菌，显示叶际有前噬菌体、植物相关细菌中有尾素，而eCIS在土壤中富集。